วิหารไดบุตสึเด็นถือเป็นสุดยอดงานสถาปัตยกรรมไม้ การออกแบบใช้รูปแบบไดบุตสึโย (รูปแบบพระใหญ่) ที่มีระบบค้ำยันที่ซับซ้อนและเสาไม้ซีดาร์ขนาดมหึมาเพื่อรองรับน้ำหนักมหาศาลของโครงสร้าง ภายนอกโดดเด่นด้วยหลังคาทรงฮิปแอนด์เกเบิลขนาดใหญ่ประดับด้วยเครื่องประดับชิบิสีทอง ซึ่งตามธรรมเนียมทำหน้าที่เป็นเครื่องรางป้องกันไฟ ด้านหน้าอาคารมีลักษณะเป็นโครงไม้กว้างสมมาตรและผนังปูนปลาสเตอร์สีขาว สร้างเป็นพื้นที่อันโอ่อ่าสำหรับประดิษฐานพระใหญ่