คำว่า นิโครธาราม ตามภาษาท้องถิ่น แปลว่า ต้นไทร (Banyan Tree) เดิมสถานที่แห่งนี้เป็นป่าที่มีแต่ต้นไทร พระเจ้าสุทโธทนะรับสั่งให้สร้างวัดจึงได้ให้นามว่า "วัดนิโครธาราม"

วัดนิโครธารามแห่งนี้ เป็นอารามที่พระเจ้าสุทโธทนะ พร้อมด้วยพระประยูรญาติ กรุงกบิลพัสดุ์ สร้างขึ้นถวายการต้อนรับพระสัมมาสัมพุทธเจ้าคราวเสด็จนิวัตรพระนครพร้อมด้วยพระอรหันต์ 20,000 รูปที่ตามเสด็จ สร้างหลังจากที่พระองค์ได้ตรัสรู้เป็นพระสัมมาสัมพุทธเจ้าแล้ว 1 ปี พระเจ้าสุทโธทนะก็ต้องการจะกราบทูลนิมนต์ให้กลับมาเพื่อโปรดพระราชบิดา และพระญาติทั้งหลาย แต่ก็ยังมีพระญาติหลายฝ่ายติดใจว่าเจ้าชายสิทธัตถะนั้นเป็นผู้ไม่รับผิดชอบต่อราชภาระ ทิ้งครอบครัว และหนีไปออกบวช จึงยังมีความลังเล และไม่ต้องการต้อนรับกลับสู่วัง

พระเจ้าสุทโธทนะจึงได้ให้สร้างวัดขึ้นใหม่ทางทิศใต้ และกราบทูลนิมนต์พระสัมมาสัมพุทธเจ้ามาประทับ แต่กว่าจะสำเร็จก็ต้องเสียเวลา และราชทูตไปหลายคน เนื่องจากเมื่อส่งราชทูตท่านใดไปนิมนต์แล้วพระสัมมาสัมพุทธเจ้าก็ทรงไม่แน่พระทัยว่าทางพระญาติและชาวกรุงกบิลพัสดุ์จะให้การต้อนรับ มิหนำซ้ำราชทูตและไพร่พลเมื่อได้พบพระสัมมาสัมพุทธเจ้าก็กลับเปลี่ยนใจออกบวชตามอีก พระเจ้าสุทโธทนะจึงต้องเสียข้าราชบริพารไปมาก จนกระทั่งหลังสุดจึงส่งท่านกาฬุทายีมหาอำมาตย์ซึ่งเป็นสหชาติ (เกิดในวันเดียวกับพระพุทธเจ้า) และเคยเป็นพระสหายของเจ้าชายสิทธัตถะไปกราบทูลนิมนต์จึงสำเร็จ โดยแม้ท่านกาฬุทายีมหาอำมาตย์ในที่สุดจะออกบวชเป็นสาวกของพระพุทธเจ้าไปอีกแต่ท่านก็ไม่ลืมคำสั่งของพระเจ้าสุทโธทนะที่ต้องการให้นิมนต์พระพุทธเจ้าเสด็จกลับมาเยือนกรุงกบิลพัสดุ์ให้สำเร็จให้ได้

พระพุทธเจ้าได้เดินทางมาประทับที่วัดนิโครธารามโดยมีพระเจ้าสุทโธทนะและพระญาติมาต้อนรับ ในตอนแรกพระญาติก็พยายามกีดกันมิให้เจ้าชายราหุลราชบุตรมาเข้าเผ้า แต่ในที่สุดพระนางยโสธราก็พาเจ้าชายราหุลมาร่วมต้อนรับและถวายภัตตาหารเพื่อต้อนรับพระพุทธเจ้า หลังจากทรงประทับเรียบร้อยแล้วพระญาติต่างก็ยังคงมีความรังเกียจพระพุทธเจ้าว่ามิใช่ชาวศากยวงศ์อีกต่อไปแล้ว

พระพุทธเจ้าจึงได้แสดงปาฏิหาริย์ให้ฝนตกโดยผู้ที่ต้องการเปียกฝนก็จะได้ละอองฝนในขณะที่ผู้ที่ไม่ต้องการก็จะไม่มีฝนมาระคายผิวเลย นอกจากนี้ยังทำให้ ชาวเมืองเห็นว่าแม้จะอยู่ในสภาพนักบวชแต่สามารถเห็นนิมิตของพระองค์ในชุดกษัตริย์ของศากยวงศ์ได้ (พระพุทธรูปปางนี้จึงเป็นที่มาของพระประธานที่ชื่อว่าพระพุทธปฏิมาสุวรรณภูมิสิริโชค ภ.ป.ร. ภายในโบสถ์ของวัดไทยลุมพินีที่สร้างโดยมีการแต่งองค์ทรงเครื่องกษัตริย์) หลังจากนั้นก็ได้แสดงธรรมเทศนาเรื่อง "พระเวสสันดรชาดก" ซึ่งเป็นพระชาติสุดท้ายของพระโพธิ์สัตว์ก่อนที่จะมาอุบัติเป็นพระสัมมาสัมพุทธเจ้าในที่สุด

ที่วัดนิโครธารามแห่งนี้พระพุทธเจ้าได้เสด็จมาประทับหลายโอกาส และพระนางปชาบดีโคตมียังได้เคยทูลขอพระพุทธเจ้าเพื่อออกบวชเป็นภิกษุณีเป็นครั้งแรกแต่พระพุทธเจ้ามิทรงยินยอม

ภายหลังจากที่พุทธศาสนาเสื่อมศรัทธาลงในยุคกลางก็ได้มีชาวฮินดูนำเอาศิวลึงค์ซึ่งเป็นสัญลักษณ์สำหรับบูชาพระเจ้าของชาวฮินดูขึ้นไปวางไว้บนกุฏิที่ประทับและทุกวันนี้ก็ยังมีร่องรอยของชาวฮินดูมาสักการะบูชาอยู่เสมอ