มหาวิทยาลัยนาลันทา เริ่มสร้างสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช แห่งราชวงศ์โมริยะ ประมาณพุทธศตวรรษที่ 3 และมีการสร้างติดต่อกันเรื่อยมา อีกหลายยุคหลายสมัย เพื่อเป็นสถานศึกษาแก่พระภิกษุสงฆ์ ในพระพุทธศาสนา ต่อมา ก็มีการก่อสร้างส่วนอื่นๆ เพิ่มเติมขึ้นมา อีกมากมาย ตลอดระยะเวลา อันยาวไกล นับตั้งแต่พระเจ้าแผ่นดิน ในราชวงศ์คุปตะ, ราชวงศ์ปาละ และพระเจ้าแผ่นดินแห่งชวา สุมาตรา อินโดนีเซีย เป็นต้น.

ราวพุทธศตวรรษที่ 7-8 นาคารชุน คณาจารย์ผู้ยิ่งใหญ่ แห่งลัทธินิกายมหายาน ได้เดินทางไป ยังปูชนียสถานสำคัญๆ หลายแห่ง พร้อมกับท่าน อารยเทวะ ผู้เป็นศิษย์ แล้วท่านก็ได้เดินทาง มาถึงนาลันทา

ภายในระยะเวลาเพียง 1-2 ศตวรรษ จากเวลา ที่ท่านนาคารชุน เดินทางมาถึงนาลันทา ต่อจากนั้น นาลันทา ก็ได้กลายเป็นศูนย์กลาง แห่งพระพุทธศาสนา นิกายมหายาน ที่สำคัญยิ่ง ขณะนั้น มหาวิทยาลัยนาลันทา กำลังเจริญรุ่งเรืองเต็มที่

ต่อมา ในราวพุทธศตวรรษที่ 9 ได้เกิดคณาจารย์ที่สำคัญ ของนิกายมหายานขึ้น อีกท่านหนึ่ง นามว่า “อสังคะ” ท่านผู้นี้ เป็นผู้ประกาศหลักธรรม “ลัทธิโยคาจาร” ท่านได้ใช้ช่วงเวลา 12 ปีสุดท้าย แห่งชีวิตของท่าน ที่นาลันทาแห่งนี้

เมื่อพระภิกษุอสังคะ ได้มรณภาพลง น้องชายของท่าน มีนามว่า “ภิกษุวสุพันธ์” ผู้เป็นนักปราชญ์ คนสำคัญ แห่งลัทธิโยคาจาร ได้เป็นประธานสงฆ์ บริหารมหาวิทยาลัยนาลันทา สืบต่อมา

ในสมัยคุปตะ ซึ่งจัดเป็นยุคทอง แห่งประวัติศาสตร์ของอินเดีย ในยุคนี้ มีพัฒนาการในด้านต่างๆ เกี่ยวกับ ชีวิต วัฒนธรรม และแนวความคิด ทางศาสนา ของอินเดีย ได้เป็นไปอย่างกว้างขวาง.

หลักฐานจากศิลาจารึก ตลอดจนหลักฐาน ทางโบราณคดี ได้เปิดเผย ให้เห็นถึง ความเจริญรุ่งเรืองสูงสุด ของพระพุทธศาสนา ในยุคนี้ แม้ว่าพระพุทธศาสนา จะไม่ได้เป็น ศาสนาทางราชการ ตลอดทั่วทุกแคว้น ในมัชฌิมประเทศ