หลวงพ่อพุทธองค์ดำ ประดิษฐานอยุ่ในวิหารเล็กๆ ใกล้วิทยาลันนาลันทา เป็นถนนสายเล็กๆคร่อมคันนา รถบัสคันใหญ่เข้าไม่ได้ต้องเดินเท้าหรือนั่งสามล้อเข้าไปอีก 400 เมตร จากถนนใหญ่

หลวงพ่อองค์ดำ มีพระเกตุทรงบัวตูม ปางนั่งขัดสมาธิ พระหัตถ์ชี้แม่พระธรณีเป็นพยาน หน้าตักกว้าง 69 ฟุต สร้างในสมัยพระเจ้าเทวปาล เมื่อประมาณ พ.ศ. 1353-1393 ประดิษฐานอยู่ทางด้านทิศเหนือของซากปรักหักพังของมหาวิทยาลัยนาลันทา เมืองราชคฤห์ ประเทศอินเดีย เมื่อประมาณปี 1766 จนถูกเศษอิฐและหินทับถมลงใต้แผ่นดินเป็นเวลานานเกือบ 7 ศตวรรษ หรือประมาณเกือบ 700 ปี

สาเหตุที่ถูกฝังจมลงในแผ่นดินเกือบ 700 ปีนั้น ท่านตรานารถและท่านธรรมสวามิน พระทิเบตผู้เห็นเหตุการณ์ได้บันทึกไว้ว่า หลังจากกองทัพมุสลิมเข้าปกครองดินแดนชมพูทวีปฝ่ายเหนือและแคว้นนครเกือบทั้งหมด ก็เริ่มทำลายวัดวาอาราม ตลอดจนปูชนียสถานต่าง ๆ ของพระพุทธศาสนาเกือบทั้งหมด ต่อมาในปี 1766 กองทัพมุสลิมนำโดย อิคเทีย ซิลจิ พร้อมด้วยทหารประมาณ 200 คน ได้กรีธาทัพเข้าไปในมหาวิทยาลัยนาลันทา ทำลายพระพุทธรูปและศิลปกรรมต่าง ๆ ที่ขวางหน้า ก่อนจะยกทัพกลับไปเมืองภัคทัยปูร์

นักศึกษาและครูอาจารย์ประมาณ 70 คนที่หลบซ่อนอยู่ก็พากันย้อนกลับเข้าไปในมหาวิทยาลัย แล้วก็พบว่าพระพุทธรูปและศิลปกรรมส่วนใหญ่ถูกทำลายอย่างย่อยยับ แต่ยังมีที่พอที่จะจัดการปฏิสังขรณ์ได้ จึงพร้อมใจกันดำเนินการซ่อมแซม โดยให้ท่านมุทิตาภัทรเป็นหัวหน้า ท่านรัฐมนตรีของกษัตริย์แคว้นมครได้สละทรัพย์ให้สร้างวัดใหม่ขึ้นอีก 1 วัดในบริเวณมหาวิทยาลัยนั่นเอง

ท่านตรานารถและท่านธรรมสวามินยังได้บันทึกต่อไปว่า "ตรโนทรี" ที่รอดพ้นจากเงื้อมมือของกองทัพมุสลิมอันเป็นหลังสุดท้ายจนถึงความวอดวายและหมดสิ้นตั้งแต่นั้นมามหาวิทยาลัยนาลันทารวมถึงหลวงพ่อองค์ดำและพระพุทธเจ้าองค์อื่นๆ ก็ถูกทอดทิ้งจมอยู่ใต้แผ่นดินกินเวลานานเกือบ 7 ศตวรรษ

ต่อมามีนักปราชญ์ด้านโบราณคดีชื่อ เซอร์คันนิ่งแฮม ได้ศึกษาและอ่านบันทึกลายแทงของพระถังซัมจั๋งเกี่ยวกับเรื่องของมหาวิทยาลัยนาลันทาจนเข้าใจอย่างถ่องแท้ จึงนำคณะเข้ามาสำรวจและขุดค้น ก็ปรากฏผลดังที่ตนปรารถนาไว้ทุกประการ คือได้ค้นพบพระเจดีย์องค์ที่ตั้งอยู่ใจกลางมหาวิทยาลัยพอดี จากนั้นก็ได้ทำแผนที่ตามลายแทงที่มีอยู่ (คือจากหนังสือของพระถังซัมจั๋ง) เพื่อค้นหาเจดีย์องค์อื่น ๆ โดยมอบให้กลุ่มนักขุดซึ่งมี นายเอ. เอ็ม. พรอดเลย์ และ ดร.สปูนเนอร์ เป็นต้น เป็นหัวหน้าการค้นหา ปรากฏว่าได้พบซากเจดีย์องค์อื่น ๆ และตัวมหาวิทยาลัย รวมทั้ง 'หลวงพ่อองค์ดำ' และพระพุทธรูปองค์อื่นๆ อีกมากมาย ปัจจุบันเก็บรักษาไว้ที่พิพิธภัณฑ์นาลันทา

ในบรรดาพระพุทธรูปที่ขุดพบทั้งหมดดูเหมือนจะมีเพียง 'หลวงพ่อองค์ดำ' องค์เดียวเท่านั้นที่นับว่ามีความสมบูรณ์ที่สุด เพราะพระนาสิกและนิ้วพระหัตถ์เท่านั้นที่บิ่นเล็กน้อย